不久的將來，當宇宙中爆發的強能量潮汐席捲了地球，異世界的空間在世界各地出現。人類先是陷入了病毒性寄生生物的侵襲，繼而又在與未知的異生物生物戰鬥中逐漸落敗。人類被逼到狹小的國土，活在與恐怖為鄰，與絕望為伴的環境中。
居住在新東京十七區外圍難民營的修女二藤院紅，不顧危險和自身已經相當窘迫的條件從逃難人群的腳下救起了一對陷入深坑昏迷的兄妹，於是這微不足道的善舉，就以核裂變般的速度不斷發酵，直到改變並終結了這個連神都無能為力的末世。
故事就是從這一對謎一樣的兄妹身上開始的............